La fundación del   Municipio de Aguadas data del año 1.808; no obstante, solo hasta el año de 1.874, los concejales de aquella época, vieron la imperiosa necesidad de crear un Hospital y fue así como mediante el Acuerdo No.15 del 6 de julio de 1.874, disponen la creación del que se llamó Hospital o Asilo San Roque, ubicado en la Avenida los Fundadores, cuyo primer director fue don Crisóstomo Flórez,  posteriormente la misma corporación mediante el Acuerdo de 1916, ordenó la construcción de un hospital mas moderno en el Barrio Olivares y es así como en el año de 1917, se coloca la primera piedra para la realización de dicha obra, cuya inauguración se hizo el día 22 de julio de 1928.  Este edificio era de una planta física, la cual fue presa de las llamas en la noche del 29 de julio de 1.952 a causa de un corto circuito.

La construcción del actual Hospital, se inició en el año 1955, quedando terminada en el año 1964; este Hospital lleva por nombre Hospital “San José” en honor a su patrono, su lema es amor ternura y caridad.

En 1996 se iniciaron trabajos de remodelación de su planta física con el fin de adecuar algunas secciones del Hospital (consulta externa); y durante 1999-2000 se realizaron trabajos de remodelación en las secciones de (urgencias y laboratorio clínico), en cumplimiento de las condiciones establecidas por la normatividad vigente.

El Honorable Concejo Municipal de Aguadas Caldas, por medio del Acuerdo Municipal No. 017 del 23 de julio de 1998 creó la Empresa Social del Estado Hospital San José de Aguadas, como entidad pública descentralizada del Orden Municipal, dotada de personería jurídica, patrimonio propio y autonomía administrativa , adscrito a la Secretaría de Salud Municipal e integrante del Sistema de Seguridad Social en Salud, sometida al régimen jurídico previsto en la Ley 100 de 1993; quien para todos los efectos, se llamará la Empresa.

De conformidad con acuerdo 017, su objeto será la prestación de servicios de salud, entendidos como un servicio público a cargo del estado y como parte integral del sistema de Seguridad Social en Salud. En desarrollo de ese objeto, adelantará las acciones de promoción, prevención, tratamiento y rehabilitación de salud, definidos por los planes obligatorios del Sistema de Seguridad social en Salud, bajo los principios de Eficiencia  y Calidad.

El 5 de diciembre del mismo año mediante el Acuerdo No. 045, fue modificado el Acuerdo  No. 17 del 23 de julio, en lo relativo a transformación y naturaleza jurídica  convirtiéndola en una “Empresa Social del Estado Hospital” entendida como una categoría especial de entidad pública descentralizada del orden municipal, dotada de personería jurídica, patrimonio y autonomía administrativa, adscrita a la Dirección Local de Salud e Integrante del Sistema de Seguridad Social en Salud y sometida al régimen jurídico previsto en la Ley 100 y las disposiciones que la reglamenten.

El Centro de Salud de Arma se integra a la ESE. como dependencia administrativa de ésta mediante el Acuerdo No. 045 del 5 de diciembre de 2005.

A finales del año 2005, la ESE Hospital San José de Aguadas fue escogida con  9 entidades prestadoras de servicios de salud más, por la Dirección Territorial de Salud de Caldas para realizar una prueba piloto de estandarización de procesos asistenciales tendientes a garantizar la calidad de los servicios de salud denominada Programa de Auditoria para el Mejoramiento de la Calidad en Salud “PAMEC” Herramienta se ha venido trabajando al interior de la entidad, por que se espera lograr los más altos niveles de calidad, eficiencia y eficacia en cumplimiento de nuestra misión institucional.